El juego tiene lugar en Isla Delfino (Isla Delfino en la versión española), un lugar paradisiaco donde Mario, Toadsworth, la Princesa Toadstool y cinco Toads se toman unas vacaciones. Un villano que suplanta a Mario, conocido como Shadow Mario (Mario Oscuro en versión española), hace un desastre en la isla pintando grafitis, y Mario es culpado por dicho desorden. Más tarde, a Mario lo dejan salir de la cárcel con la condición de que limpie toda la isla, mientras protege a la Princesa Peach y Yoshi de Mario Oscuro. Para ello, Mario usará un aparato llamado F.L.U.D.D. ( Flash Liquidizer Ultra Dousing Device ) y en español: A.C.U.A.C., (Aparato de Chorro Ultra-Atómico Combinado) inventado por el Professor E. Gadd (Profesor Fesor en español).

El juego tiene lugar en Isla Delfino (Isla Delfino en la versión española), un lugar paradisiaco donde Mario, Toadsworth, la Princesa Toadstool y cinco Toads se toman unas vacaciones. Un villano que suplanta a Mario, conocido como Shadow Mario (Mario Oscuro en versión española), hace un desastre en la isla pintando grafitis, y Mario es culpado por dicho desorden. Más tarde, a Mario lo dejan salir de la cárcel con la condición de que limpie toda la isla, mientras protege a la Princesa Peach y Yoshi de Mario Oscuro. Para ello, Mario usará un aparato llamado F.L.U.D.D. ( Flash Liquidizer Ultra Dousing Device ) y en español: A.C.U.A.C., (Aparato de Chorro Ultra-Atómico Combinado) inventado por el Professor E. Gadd (Profesor Fesor en español).